Laboratórium prietokovej cytometrie a riadenej evolúcie
Zodpovedná osoba: Mgr. Mária Tomková, PhD.
Špecialista pre FACS triedenie: RNDr. Mária Repovská, PhD.
Laboratórium prietokovej cytometrie a riadenej evolúcie sa zameriava na vývoj a optimalizáciu väzbových molekúl s vysokou afinitou a špecificitou prostredníctvom riadenej evolúcie, konkrétne metódou kvasinkového displeja. Zároveň realizujeme štandardnú charakterizáciu bunkových kultúr pomocou prietokovej cytometrie.
Analýzy
Vedecké
Realizujeme selekčné experimenty zamerané na riadenú evolúciu proteínov pomocou metódy kvasinkového displeja. Pripravujeme a analyzujeme genetické knižnice variantov vrátane metódy error-prone PCR a vykonávame ich opakovaný skríning na základe väzbových vlastností. Triedenie prebieha na základe väzby fluorescenčne značeného ligandu na proteín exprimovaný na povrchu kvasinkovej bunky, čo umožňuje cielene optimalizovať afinitu a špecificitu vybraných molekúl. Poskytujeme aj triedenie jednotlivých buniek (single-cell sorting) s cieľom izolácie individuálnych klonov určených na klonovanie a sekvenovanie.
Komerčné
Poskytujeme pokročilé technologické zázemie a odborné know-how pre akademické tímy aj priemyselných partnerov pri realizácii projektov v oblasti vývoja protilátok, proteínového inžinierstva a biotechnológií.
Služby
Prietoková cytometria a triedenie buniek
-
Viacparametrická analýza bunkových populácií
-
Triedenie buniek na základe presne definovaných fenotypových znakov
-
Single-cell sorting pre izoláciu individuálnych klonov
-
Stanovenie zastúpenia populácií a kontrola čistoty po sortingu
-
Konzultácie k návrhu cytometrických panelov a experimentov
Riadená evolúcia a kvasinkový displej
-
Návrh a príprava genetických knižníc variantov (náhodná mutagenéza, error-prone PCR)
-
Skríning knižníc so zameraním na väzbovú afinitu a špecificitu
-
Opakovaná selekcia a obohacovanie DNA knižníc
-
Vývoj väzbových proteínov a protilátok s optimalizovanými vlastnosťami
-
Návrh a optimalizácia selekčných stratégií
Následné spracovanie
-
Izolácia a klonovanie vybraných variantov
-
Príprava vzoriek na sekvenovanie
-
Prepojenie selekcie s genetickou analýzou
-
Základná charakterizácia izolovaných klonov (v spolupráci s Lab. č. 14)
Výskumné a komerčné spolupráce
-
Komplexné riešenia v oblasti riadenej evolúcie proteínov a protilátok
-
Podpora pri vývoji terapeutických a diagnostických molekúl
-
Dlhodobé spolupráce s akademickými a priemyselnými partnermi
-
Individuálne konzultácie a návrh experimentálnych stratégií
Laboratórium proteínového inžinierstva
Laboratórium je vybavené kľúčovými prístrojmi pre realizáciu molekulárno-biologických experimentov, vrátane PCR termocykléra (Eppendorf Mastercycler X50S) a PCR boxu (Biosan). Disponuje prístrojmi na agarózovú gélovú elektroforézu (Bio-Rad PowerPac HC), UV transiluminátorom (Herolab) na vizualizáciu DNA, chladenou centrifúgou (Eppendorf 5424 R) a termomixérmi (Eppendorf, Biosan), ktoré umožňujú efektívnu separáciu a kontrolovanú inkubáciu pripravovaných vzoriek.
Laboratórium biotechnológie a fyziológie buniek
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium laserovej spektroskopie
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium biotermodynamiky a optickej spektroskopie
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium molekulárnej biológie
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium bunkových kultúr
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium konfokálnej mikroskopie
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium prietokovej cytometrie
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium mikroskopie s časovým rozlíšením
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium Ramanovej spektroskopie
Your text will be added here upon delivery. We have used this placeholder text.
Laboratórium rekombinantných proteínov
V laboratóriu realizujeme purifikáciu proteínov pomocou afinitnej chromatografie a gélovej filtrácie, s kontrolou čistoty prostredníctvom SDS-PAGE a HPLC systémov. Pre biofyzikálnu charakterizáciu využívame diferenčnú skenujúcu kalorimetriu (MicroCal VP-Capillary DSC) a cirkulárny dichroizmus (Chirascan V100), čo umožňuje detailnú analýzu stability, konformácie a interakcií proteínov. Súčasťou našich kapacít je aj kryštalizácia proteínov s využitím robotického systému Crystal Gryphon a stereoskopickej mikroskopie (Leica Microsystems Ivesta 3) na optimalizáciu podmienok a následnú analýzu kryštálov.
Laboratórium bakteriálnych kultúr
Laboratórium je vybavené prístrojmi na kultiváciu baktérií v definovaných podmienkach (teplota, aerácia, miešanie) a na riadenú expresiu rekombinantných proteínov. Následne slúžia na zber buniek, ich lýzu (mechanickú aj ultrazvukovú) a izoláciu a analýzu proteínov pomocou centrifugácie a spektrofotometrie.
Laboratórium prietokovej cytometrie a riadenej evolúcie
Laboratórium disponuje triediacim cytometrom CytoFLEX SRT (Beckman Coulter) na presné triedenie buniek a analyzátorom CytoFLEX S (Beckman Coulter) pre cytometrickú analýzu. Súčasťou vybavenia je laminárny box triedy II (ESCO) na bezpečnú manipuláciu s biologickým materiálom, chladená centrifúga (Eppendorf 5430 R), elektroporátor GenePulser Xcell (Bio-Rad) na transformáciu buniek a homogenizátor QIAGEN TissueLyser III.
Laboratórium hmyzích buniek
Laboratórium hmyzích bunkových kultúr sa špecializuje na produkciu rekombinantných proteínov pomocou bakulovírusového expresného systému v bunkových líniách Spodoptera frugiperda (Sf9). Platforma pokrýva celý workflow - od návrhu genetických konštruktov, cez generovanie rekombinantného bakulovírusu, až po škálovanú expresiu proteínov. Laboratórium je plne vybavené modernými centrifúgami, laminárnym boxom, inkubátorom, mikroskopom a termošejkremi, ktoré zabezpečujú kompletný proces prípravy a využitia rekombinantných bakulovírusov a produkcie proteínov.
Analytické laboratórium - HPLC
Laboratórium je vybavené systémom vysokoúčinnej kvapalinovej chromatografie (HPLC) na platforme Shimadzu. HPLC je analytická technika, ktorá dokáže oddeliť a presne zmerať zložky komplexných zmesí na základe ich fyzikálno-chemických vlastnosti ako polarita, veľkosť alebo náboj. Umožňuje tak analyzovať čistotu, stabilitu a posttranslačné modifikácie proteínov, čím poskytuje kľúčové údaje pre biochemický výskum aj vývoj biofarmaceutík.